今回は"mt-comments.cgiのリネーム"対応してみることにしました。
ついでにトラックバック"mt-tb.cgi"も一緒にやりました。

mt-comments.cgi
mt-tb.cgi

この2つを適当にリネームします。

mt-hoge-comments.cgi
mt-hoge-tb.cgi

こんな感じで。

次に"mt-config.cgi"を開いて一番下に

CommentScript mt-hoge-comments.cgi
TrackbackScript mt-hoge-tb.cgi

と記述してリビルドして終わり。

テンプレート→アーカイブ→テンプレートを新規作成

テンプレート名 ： EntryBody（任意）
このテンプレートにリンクするファイル ： （記述無し）
テンプレートの内容 ： <$MTEntryBody$>

次に関連付けをします。
設定→公開→アーカイブ･マッピング→マッピングを新規作成
アーカイブの種類 : エントリー
テンプレート : EntryBody

EntryBodyの出力フォーマットの設定。
エントリー･アーカイブの出力フォーマットを

<$MTArchiveDate format="%Y/%m/%d-%H%M%S"$>.php

としているのでわかりやすく

<$MTArchiveDate format="%Y/%m/%d-%H%M%S"$>_body.php

としました。

で、最後に各テンプレートの

<$MTEntryBody$>

を

<? include"/(サーバーパス)/archives/<$MTArchiveDate format="%Y/%m/%d-%H%M%S"$>_body.php";?>

に変更して終了。

再構築してみた。
今まで

EntriesPerRebuild 10

にしても500エラーが頻発。その度にブラウザで戻らないといけなかったのでPCの前に張り付いておかないとだめでした。
特にカテゴリーの再構築は最悪。再構築→500エラー→戻る→500エラーの繰り返しで2時間以上かかることもあり、すべて再構築するのに3?4時間かかる事もありましたが・・・

ノンストップで45分で再構築完了。